이런식으로 하면 되지 않을까요...

DATAPART  함수 활용해서 하면 될 듯 합니다.  

정확한 범위 주차와 비교가 필요한 하시면 2100년까지 날짜 기준 테이블 만들어서 사용하셔도 될듯 합니다.

/**** 테스트 데이터 입력 시작 *****/

CREATE TABLE TableA ( adate DATE,  

                      aqty INT     

                      );

CREATE TABLE TableB ( bdate DATE,  

                      bqty INT     

                      );

SET NOCOUNT ON;

DECLARE @i INT;

DECLARE @date DATE;

SET @i = 0;

SET @date = GETDATE();

WHILE ( @i < 48 )

    BEGIN

        INSERT  INTO TableA

        VALUES  ( @date, FLOOR(RAND() * ( 100 - 1 ) + 1) );

        INSERT  INTO TableB

        VALUES  ( @date, FLOOR(RAND() * ( 10 - 1 ) + 1) );

        SET @i = @i + 1;

        SET @date = DATEADD(DAY, -7, @date);

    END;

/**** 테스트 데이터 입력 끝 *****/

SELECT  주차 = ROW_NUMBER() OVER ( ORDER BY aweek DESC ) ,

        실적 = aqty ,

        불량 = bqty , [%#] = CONVERT(NUMERIC(5,2),bqty * 100.0 / aqty)

FROM    ( SELECT    aweek = DATEPART(WEEK, adate) ,

                    aqty = SUM(aqty)

          FROM      TableA

          WHERE     adate >= GETDATE() - 180

          GROUP BY  DATEPART(WEEK, adate)

        ) AA

        INNER JOIN ( SELECT  bweek = DATEPART(WEEK, bdate) ,

                            bqty = SUM(bqty)

                    FROM    TableB

                    WHERE   bdate >= GETDATE() - 180

                    GROUP BY DATEPART(WEEK, bdate)

                  ) BB ON AA.aweek = BB.bweek

ORDER BY aweek DESC;